生物质锅炉和传统的燃煤锅炉比，优势很明显，首先是环保方面，燃煤锅炉燃烧时会产生大量的二氧化硫、氮氧化物和粉尘，对空气污染严重，现在很多地区已经禁止使用燃煤锅炉；而生物质锅炉燃烧的是可再生的生物质燃料，排放的二氧化硫和粉尘很少，氮氧化物排放量也低，符合现在的环保政策，不用担心中标被处罚，还能为环保做贡献。​
然后是燃料成本方面，生物质燃料比如秸秆、木屑、生物质颗粒，成本比煤炭低不少，尤其是在农村或农产品加工区，秸秆、木屑这些燃料来源广泛，甚至能就地取材，几乎不用花钱买，大大降低了燃料成本；而煤炭价格受市场影响大，近年来价格波动大，而且运输成本高，长期使用下来，生物质锅炉的燃料成本比燃煤锅炉低 30% 左右。​
还有就是使用和维护方面，生物质锅炉的操作比燃煤锅炉简单，不用像燃煤锅炉那样需要人工加煤、清理煤渣，很多生物质锅炉实现了自动化进料和除渣，节省人力成本；维护方面，生物质锅炉的炉膛、烟道结焦虽然需要清理，但比燃煤锅炉的积灰清理简单，而且生物质锅炉的部件磨损比燃煤锅炉少，使用寿命更长，一般生物质锅炉能使用 10-15 年，比燃煤锅炉长 3-5 年。另外，生物质锅炉的安装也比燃煤锅炉简单，不用专门建设复杂的除尘、脱硫设施，安装成本更低，适合中小企业和农村地区使用。