生物质锅炉的燃料选择很关键，选对了能保证锅炉正常运行，还能降低成本。首先要选合适的燃料类型，常见的有生物质颗粒、碎木屑、秸秆压块，生物质颗粒密度大、燃烧充分、运输储存方便，适合大多数生物质锅炉，尤其是小型锅炉；碎木屑和秸秆压块成本更低，但密度小、燃烧时容易结焦，适合大型生物质锅炉，而且需要锅炉有专门的防结焦设计。​
然后要看燃料的热值，热值高的燃料燃烧效果好，产生的热量多，一般生物质颗粒的热值在 4000 大卡 / 公斤左右，碎木屑在 3500 大卡左右，选的时候要根据锅炉的热需求来定，热值太低会导致锅炉出力不足，满足不了用热需求。​
还要注意燃料的含水量，含水量太高的燃料燃烧不充分，会产生大量烟气，降低热效率，还容易堵塞烟道，一般燃料含水量要控制在 15% 以下，选购时可以用手摸一下，感觉干燥、不结块的比较好。另外，要选纯度高的燃料，避免里面混入泥土、石子等杂质，杂质太多会磨损锅炉部件，还会产生灰渣，增加清理工作量。